Маргарита родилась 7 октября 1915 года в Одессе. Её родители были мелкими служащими. После 7 лет обучения в школе поступила в химический техникум. Помимо обучения в техникуме она работала на заводе. В 16 лет, прервав учебу, она переехала с семьей в Москву. Именно здесь состоялся его творческий дебют.
Не сумев сдать экзамены в институт, устроилась работать библиотекарем в институте ОГИЗ («Объединение государственных книжно-журнальных издательств»).
В 1933 году начала печататься в журнале «Огонёк», курсы которого она часто посещала. Её первыми опубликованными стихами были «Дождь» и «Будни».
В 1934 году поступила в литературный институт имени А.М. Горького. С 1938 года Маргарита Алигер – член Союза писателей СССР и депутат райсовета Красной Пресни. Тогда же вышел первый сборник её стихов «Год рождения».
Во время гражданской войны в Испании (1937) четверо поэтов — Евгений Долматовский, Константин Симонов, Михаил Матусовский и Алигер — сочинили стихотворное послание «героическому испанскому народу». С этого момента на её стихи обратил внимание Сталин, которому они очень понравились. В 1939 году, в возрасте 24-х лет Алигер получила первую правительственную награду – орден Знак Почёта.
В 1937 году Маргарита вышла замуж за Константина Макарова-Ракитина, который в 1941 году ушёл на фронт и погиб в бою под Ярцевым в первые же дни войны. После этого события родилось стихотворение «С пулей в сердце я живу на свете». Памяти мужа поэтесса также посвятила стихотворение «Музыка» - одно из наиболее эмоциональных и выразительных в её творчестве.
Во время Великой Отечественной войны Алигер был военным корреспондентом в осажденном Ленинграде. В 1942 году она вступила в партию, а в, передала присуждённую ей Сталинскую премию в Фонд обороны. Она получила эту награду за стихотворение «Зоя», написанное в 1942 году, посвященное студентке Зое Космодемьянской, героически погибшей от рук фашистских захватчиков, которой было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
В годы войны были изданы ещё несколько сборников её стихов: 1942 – «Памяти храбрых», 1945 – «Сказка о правде», «Твоя Победа».
После смерти Сталина Алигер была объявлена критикой «посредственной» поэтессой.
В 1955 году участвовала в создании «оттепельного» альманаха «Литературная Москва. Член правления Союза писателей РСФСР и СССР. Член редколлегии журнала «Воскресенье литературное» (1992).
Маргарита погибла в результате несчастного случая 1 августа 1992 года возле своего дачи в селе Мичуринец. Её похоронили на кладбище в Переделкино.